Zeytin tahmini P450 monooksigenaz geninin moleküler karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışmada zeytin (Olea europaea L.) cDNA kütüphanesinden seçilen tahmini sitokrom P450 monooksigenaz geninin moleküler boyutta aydınlatılması maksadıyla klonlama, anlık gösterimli PCR (real - time PCR), TAIL - PCR gibi teknikler kullanılmıştır. Ayrıca çeşitli biyoinformatik analizler, intron analizi ve polimorfizm analizi çalışmalarıyla da tahmini gen hakkında detaylı bilgi edinilmiştir. Planlanan enzim aktivite ölçümü için gen, ekspresyon vektörüne klonlanmıştır. Anlık gösterimli PCR ile genin zamansal ve dokusal ekpresyon seviyeleri tespit edilmiştir. Genin kontrolünü sağlayan promotör bölgesinin tespiti için TAIL - PCR kullanılmış ve tahmini promotör bölgesi adayı PCR ürünleri elde edilmiştir. İntron ve polimorfizim analizleri sonucunda genin 4 farklı introna ve zeytin çeşitleri arasında polimorfizme sahip olduğu belirlenmiştir. Kullanılan çeşitli biyoinformatik araçlarla genin biyolojik işleyişi, hücre içerisinde bulunduğu konumu ve moleküler fonksiyonu tahmin edilmiştir.In this study a putative cytochrome P450 monooxigenase isolated from olive (Olea europaea L.) leaf cDNA library was studied. Various techniques such as cloning, real - time PCR and TAIL - PCR have been applied for the analysis of the gene in molecular level. Also, detailed information was obtained through bioinformatics tools, intron analysis and polymorphism analysis. The gene was cloned into expression vector for determination of the enzyme activity. Spatial and temporal expression levels were determined using real - time PCR. TAIL - PCR was employed to capture PCR products harboring the putative promoter region. The putative gene was determined to contain four introns. Polymorphism was also detected among different olive cultivars. Biological activity, cell localization and molecular function of the gene were determined using bioinformatics tools.