Quality data and errors in a tertiary microbiology laboratory (2017-2020): “The good, the bad and the ugly”

Abstract

Background: In the last century, tremendous developments have happened in laboratory medicine. Even though laboratory errors have declined and quality standards have been defined concordant with technological developments, their routine and continuous monitoring has become main part of laboratory medicine. The aim of this study was to investigate contamination rates, specimen rejection and quality analysis of a microbiology laboratory of a tertiary hospital in a 4-year period. Materials and Methods: Specimens of Balıkesir Atatürk City Hospital in 2017-2020 that were sent to microbiology laboratories were retrospectively evaluated regarding rejection rates, rejection reasons, blood culture (BC) quality and contamination rates, urine culture (UC) contamination rates. Rejection analysis and contaminations were divided according to rejection reasons and hospital services. Results: A total of 1,862.038 samples were sent to microbiology laboratory in a 4-year period. Reasons of over 80% of specimen rejections were inappropriate specimen, inappropriate containers, insufficient specimen, and missing sample and/or test request, respectively. Outpatient and internal medicine services covered the majority of rejections, but rejections were significantly lower in intensive care units (ICUs) and surgical services (p<0.001). 68.5% of all UC contaminations were detected in outpatient services. The difference of UC contamination rates regarding years (p=0.846) and services (p=0.182) were not significant. 72.8% of BC contaminations were sourced from ICUs. The difference of BC contamination rates regarding years (p=0.630) and services (p=0.630) were not significant. False positivity of BCs was 1.1%, failures of first notification were ≤0.1%, and gram staining-final identification agreement rate was 94.3%. One-vial BC rate was 3.8%, with the majority of neonatal cases (>90%). Conclusion: Although our rejection and quality rates are below the highest thresholds of quality criteria, a need of training and organization in outpatient units was clear. Similar impropriety was observed in UC contaminations with the same units. BC contaminations in ICUs are thought to be sourced from inappropriate indwelling catheter care.Amaç: Son yüzyıl laboratuvar tıbbında muazzam gelişmelere sahne olmuştur. Her ne kadar teknolojik gelişmelerle laboratuvar testlerindeki hatalar anlamlı şekilde azaltılmış ve kalite standartları belirlenmiş olsa da, bunların rutin izlemi laboratuvar tıbbının temel unsuru haline gelmiştir. Bu çalışmadaki amaç, dört yıllık süreçte üçüncü basamak bir hastanenin mikrobiyoloji laboratuvarının kontaminasyon, numune reddi ve kalite analizini değerlendirmektir. Gereç ve Yöntemler: Balıkesir Atatürk Şehir Hastanesi’nin 2017-2020 yılları arasında mikrobiyoloji laboratuvarlarına gönderilen numunelerinin red oranı ve red sebebi ile kan kültürü kalite ve kontaminasyon oranları ve idrar kültürü numunelerinin kontaminasyon oranlarına retrospektif olarak bakılmıştır. Red analizleri ve kontaminasyon oranları red sebebine ve hastane birimlerine göre düzenlenmiştir. Bulgular: Mikrobiyoloji laboratuvarlarına dört yıl içerisinde toplamda 1,862.038 laboratuvar numunesi ulaşmıştır. Numune redlerinin %80’inden fazlasının sebepleri sırasıyla, uygunsuz numune, uygunsuz numune kabı, yetersiz numune, kayıp numune/uygunsuz test istemi şeklindedir. Ayaktan hasta ünitelerinden ve iç hastalıkları servislerinden gelen numuneler redlerin çoğunluğunu oluştururken, yoğun bakımlardan ve cerrahi servislerden gelen numunelerde red anlamlı şekilde daha azdır (p<0,001). İdrar kültürlerinin tüm kontaminasyonlarının %68,5’i ayaktan hasta servislerinde görüldü. İdrar kültürlerinde yıllara göre (p=0,846) ve servislere göre (p=0,182) kontaminasyon oranları anlamlı bulunmadı. Toplam kan kültürü kontaminasyonlarının %72,8’i yoğun bakım ünitelerindendi. Kan kültürlerinde yıllara göre (p=0,630) ve servislere göre (p=0,630) kontaminasyon oranları anlamlı bulunmadı. Kan kültürlerinde yalancı pozitiflik %1,1, pozitifliğin ilk bildirimindeki hatalar ≤%0,1 ve gram boya-son tanımlama uyum oranı %94,3’tü. Tek şişe kan kültürü oranı %3,8’di ve çoğunlukla neonatal olgulardı (>%90). Sonuç: Her ne kadar numune red oranları kalite standartlarında belirtilen sınırların altında kalsa da, ayaktan hasta ünitelerinde numune yönetimi hususunda eğitim ve düzenleme gerekliliği açıktır. Aynı birimlerde benzer uygunsuzluk idrar kültürü kontaminasyonunda da görülmektedir. Yoğun bakım ünitelerindeki kan kültürü kontaminasyonunun yetersiz invazif kateter bakımından kaynaklandığı düşünülmektedir.