Comparison of PCR with conventional methods in the diagnosis of pneumocystis jirovecii and atypical pneumonia agent chlamydia pneumoniae and mycoplasma pneumoniae in intensive care patients

Abstract

Objective: Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) can colonize healthy people and other chronic lung patients as well as in immunocompromised or immunosuppressed patients. Mycoplasma pneumoniae (M. pneumoniae) and Chlamydia pneumoniae (C. pneumoniae) are the most common atypical pneumonia agents in the community. This study aimed to investigate the presence of P. jirovecii, M. pneumoniae, and C. pneumoniae colonization/infection by different methods in patients in intensive care units. Methods: In this study, the presence of P. jirovecii, M. pneumoniae and C. pneumoniae in endotracheal aspirate specimens taken from 50 intensive care patients was investigated by polymerase chain reaction (PCR) method and conventional methods. Results: Twenty (40%) of 50 patients were diagnosed with pneumonia. P. jirovecii DNA was detected in six specimens. P. jirovecii cysts were detected by Gram-Weigert and Gomori silver staining in one of the patients who were PCR positive. Of 20 patients diagnosed with pneumonia, 9 (45%) were C. pneumoniae PCR positive, 18 (90%) were C. pneumoniae immunoglobulin M (IgM) positive, 8 (40%) were C. pneumoniae IgG positive, and 5 (25%) were M. pneumoniae IgG positive. Of 30 patients (60%) who were not diagnosed with pneumonia, 1 (3.3%) were C. pneumoniae IgM positive, 12 (40%) were C. pneumoniae IgG positive, and 5 (16.7%) were M. pneumoniae IgG positive. Conclusion: It is important to use the PCR method together with conventional methods for rapid and accurate diagnosis of P. jirovecii, C. pneumoniae, and M. pneumoniae in patients hospitalized in intensive care units, to differentiate colonization/infection, and to prevent the risk of infection development in immune-compromised patients.Amaç: Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) sağlıklı insanlarda ve diğer kronik akciğer hastalarında olduğu gibi immün sistemi baskılanmış hastalarda da kolonize olabilir. Mycoplasma pneumoniae (M. pneumoniae) ve Chlamydia pneumoniae (C. pneumoniae) toplumda en sık görülen atipik pnömoni etkenleridir. Bu çalışmada yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalarda P. jirovecii, M. pneumoniae ve C. pneumoniae kolonizasyon/ enfeksiyon varlığının farklı yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada 50 yoğun bakım hastasından alınan endotrakeal aspirat örneklerinde P. jirovecii, M. pneumoniae ve C. pneumoniae varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi ve geleneksel yöntemlerle araştırılmıştır. Bulgular: Elli hastanın 20’sine (%40) pnömoni tanısı konulmuştur. Altı örnekte P. jirovecii DNA’sı tespit edilmiştir. PCR pozitifliği saptanan hastaların sadece birinde Gram-Weigert ve Gomori silver boyama ile P. jirovecii kisti tespit edilmiştir. Pnömoni tanısı alan 20 hastanın 9’unda (%45) C. pneumoniae PCR pozitif, 18’inde (%90) C. pneumoniae immünoglobulin M (IgM) pozitif, 8’inde (%40) C. pneumoniae IgG pozitif ve 5’inde ise (%25) M. pneumoniae IgG pozitif olarak saptanmıştır. Pnömoni tanısı konamayan 30 (%60) hastanın 1’inde (%3,3) C. pneumoniae IgM pozitif, 12’sinde (%40) C. pneumoniae IgG pozitif ve 5’inde (%16,7) M. pneumoniae IgG pozitif olarak bulunmuştur. Sonuç: Yoğun bakım ünitelerinde yatan hastalarda P. jirovecii, C. pneumoniae ve M. pneumoniae’nin hızlı ve doğru tanısı, kolonizasyon/ enfeksiyon ayrımı ve bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda enfeksiyon riskinin önlenmesi için PCR yönteminin konvansiyonel yöntemlerle birlikte kullanılması önemlidir.