İnsan adipoz mezenkimal kök hücre kaynaklı eksozomların kolon kanseri hücresi üzerindeki transkriptomik ve hücresel etkilerinin belirlenmesi

Abstract

Hücre dışı veziküllerden biri olan ekzosomlar çeşitli proteinler, lipitler, mRNA, metabolik enzimler ve miRNA gibi çok sayıda esansiyel molekülü içererek hücreler arasındaki moleküler bilgiyi ve hücreler arası iletişimi sağlamaktadır. Eksozomlar kanserde hücreler arası iletişimin önemli aracıları olarak ortaya çıkmış olup yerel ve sistemik çevreyi değiştirerek kanserin büyümesi ve yayılmasını programlayabilmektedir. Eksozomların kanser progresyonundaki çok yönlü etkileri literatürde yapılan çalışmalada sınırlı olduğu ve eksozomların kanser hücreleri üzerinde etkileri göz önüne alınarak çalışmamızda eksozomların izolasyonu yapılarak TEM, Western blot ve immünofloresan analizi ile karakterize edilmiştir. Ardından SW-480 hücrelerinde proliferasyon/sitotoksisite, koloni formasyon ve hücre migrasyonu çalışmaları gereçekleştirilmiştir. Bu analizlere ek olarak eksozomların SW-480 kolon kanseri hücrelerindeki etkisinin belirlenmesi için transkriptomik analizler yapılmıştır. Gerçekleştirilen biyoinformatik analizlerle tüm RNA transkpti araştırılmıştır. Elde edilen sonuçlarda istatistiksel olarak anlamlı değişikliğe uğrayan genler belirlenerek RT-PZR çalışmaları yapılarak doğrulanmıştır. Bu genlerden up regüle olan ATOH 8’in sh RNA çalışmaları için lentiviral tabanlı pLKO.1-TRC vektörüne başarıyla klonlanması gerçekleştirilmiştir.

Exosomes, one of the extracellular vesicles, provide molecular information and intercellular communication between cells by containing many essential molecules such as various proteins, lipids, mRNA, metabolic enzymes and miRNA. Exosomes have emerged as important mediators of intercellular communication in cancer and can program the growth and spread of cancer by changing the local and systemic environment. Considering the limited number of studies in the literature on the multifaceted effects of exosomes on cancer progression and the effects of exosomes on cancer cells, in our study, exosomes were isolated and characterized by TEM, Western blot and immunofluorescence analysis. Then, proliferation/cytotoxicity, colony formation and cell migration studies were performed in SW-480 cells. In addition to these analyses, transcriptomic analyses were performed to determine the effect of exosomes on SW-480 colon cancer cells. All RNA transcripts were investigated with the bioinformatic analyses performed. Statistically significant genes were determined in the obtained results and confirmed by RT-PCR studies. Among these genes, up-regulated ATOH 8 was successfully cloned into the lentiviral-based pLKO.1-TRC vector for sh RNA studies.