Türkiye'de yetişen Silene L. cinsinin Auriculatae ve Brachypodeae seksiyonlarına ait türlerin ITS nrDNA dizilerine dayalı filogenetik ilişkileri

Abstract

Bu çalışmada Türkiye'nin farklı illerinden toplanan Silene L. (Caryophyllaceae) cinsine ait 17 türün nrDNA ITS bölgelerinin moleküler sistematik analizi yapılmıştır. Arazi çalışmasında toplanan örneklerin önce tanımı yapılıp daha sonra her örnek herbaryum haline dönüştürülmüştür. Daha sonra örneklerin ITS profillerinin belirlenmesi için her türün yaprak örneklerinden DNA izolasyonu yapılmıştır. Örneklerin daha sonra ITS bölgeleri uygun ITS4 ve ITS5A primerleri kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile çoğaltımıştır. Çoğalan DNA bölgelerinin baz diziler elde edilip işlenerek PAUP programı ile filogenetik analiz yapılmıştır. Değerlendirme sonucu çalışılan türler arası akrabalık ilişkilerini ortaya koyan Parsimoni, NJ, UPGMA, Boostrap ağaçları elde edilmiştir. Bu çalışmadan elde ettiğimiz veriler ışığında türler arasında filogenetik ilişkinin açıklanmasında ITS dizin analizlerinin daha güvenilir bilgiler ortaya koyduğu sonucuna varılmıştır.

In this study, 17 types of Silene L. (Caryophyllaceae) species which were collected from different provinces of Turkey were subjected to systematic molecular analysis for their nrDNA ITS sequences. Describe were made for species gathered during the field study and then each sample was transformed into herbarium state. DNA isolation was performed in order to determine the ITS profiles of the samples. They were duplicated through polymerase chain reactions(PCR) using ITS sections with appropriate ITS4 and ITS5 primers. Base sequence analysis of duplicated DNA sections was performed and they were evaluated through PAUP. As a result of the study, Parsimoni, NJ, UPGMA, Bootstrap analyses were performed to show the relationships between and among the studied taxa. In the light of the data we obtained from this study, it was concluded that ITS sequence analysis provides more reliable data when it comes to explaining the phylogenetic relationships among the studied taxa