Molecular characterization of ovine parapoxviruses in Türkiye: Phylogenetic overview

Abstract

The genus Parapoxvirus of the family Poxviridae is the causative agent of the Ecthyma Contagiosum (Orf virus) disease, which is widespread in sheep and goats around the world. The Orf virus is also recognized as an occupational zoonotic agent, causing auto limited lesions in humans. The Orf virus has an affinity for epithelial tissue and causes proliferative lesions around the lips and nose, udder, and hairless areas of the skin. In this study, the positivity of the virus was investigated by PCR in samples collected from several provinces in different regions of eastern and western Türkiye. Molecular characterization of the samples identified as positive by PCR was performed based on the B2L gene region. A phylogenetic tree was constructed by comparing the obtained partial B2L gene sequences with the reference parapoxvirus strains obtained from GenBank. It was found that the strains obtained in the study were close to Iranian and Sudanese strains. When the deduced amino acid sequences of the strains obtained with the reference strains taken from GenBank were compared, amino acid changes were detected at two different points. The phylogenetic map showed that different variants were likely to have circulated in different parts of the country. This study provided up–to–date information on Orf virus strains circulating in different regions of the country.

El género Parapoxvirus de la familia Poxviridae es el agente causante de la enfermedad Ecthyma Contagiosum (virus Orf), que está muy extendida entre ovejas y cabras en todo el mundo. El virus Orf tambien es reconocido como un agente zoonótico ocupacional que causa lesiones autolimitadas en humanos. El virus Orf tiene afinidad por el tejido epitelial y causa lesiones proliferativas alrededor de los labios y la nariz, la ubre y las áreas desprovista de pelo en la piel. En este estudio, se investigó la positividad del virus mediante PCR en muestras recolectadas de varias provincias en diferentes regiones del este y oeste de Turquia. La caracterización molecular de las muestras identificadas como positivas mediante PCR se realizó en base a la región del gen B2L. Se construyó un árbol filogenético comparando las secuencias parciales del gen B2L obtenidas con las cepas de parapoxvirus de referencia obtenidas de GenBank. Se encontró que las cepas obtenidas en el estudio eran similares a las cepas iraníes y Sudanesas. Cuando se compararon las secuencias de aminoácidos de las cepas obtenidas con las cepas de referencia tomadas del GenBank, se detectaron cambios de aminoácidos en dos puntos diferentes. El mapa filogenético mostró que probablemente habrían circulado distintas variantes en diferentes partes del país. Este estudio proporcionó información actualizada sobre las cepas del virus Orf que circulan en diferentes regiones del país.