BRCA and non-BRCA variants detected by next generation sequencing in patients with hereditary breast and|or ovarian cancer syndrome

Abstract

Introduction: Breast cancer is the most frequently diagnosed female cancer according to the 2020 data of the World Health Organization. It is mostly sporadic, 10-15% of which occur on the basis of genetic predisposition. In this study, we aimed to detect mutations in BRCA and non-BRCA genes in patients admitted with the diagnosis of breast cancer and/or ovarian cancer, and to identify mutations with increased frequency and variants specific to the Turkish population. Materials and methods: Between January 2019 and August 2021, 120 patients who applied to our clinic with hereditary Breast and/or Ovarian Cancer meeting the genetic test study criteria were included in the study. First, BRCA1/2 genes next-generation sequencing were performed on these patients, respectively. BRCA1 and BRCA2 gene deletion duplication analysis and/or multiple gene panel associated with cancer susceptibility were studied from patients with no mutations. Results: In this molecular genetic susceptibility study associated with Hereditary Breast and/or Ovarian Cancer, 33.3 % positive variants were found in BRCA and non-BRCA genes. BRCA1/2 mutations were detected in 20 patients. In addition, non-BRCA mutations (ATM, CHEK2, RAD50, RAD51D, STK11, SDHA, RB1, POLD1, SMAD4, CDH1 and CDKN22 genes) were detected in 20 patients. We identified a total of 7 new varian

Giriş ve Amaç: Meme kanseri Dünya Sağlık Örgütü’nün 2020 yılı verilerine göre en sık tanı alan kadın kanseridir. Çoğunlukla sporadik olmakla birlikte %10-15 oranında genetik yatkınlık zemininde ortaya çıkar. Meme kanseri ve/veya over kanseri tanısıyla başvuran hastalardaki genetik yatkınlığı araştırdığımız bu çalışmamızda amacımız BRCA ve non-BRCA genlerinde saptadığımız varyantları sunmak ve Türk popülasyonuna özgü mutasyonları belirmektir. Yöntem ve Gereçler: Ocak 2019-Agustos 2021 tarihleri arasinda klinigimize kalitsal Meme ve/veya Yumurtalik Kanseri ile basvuran, genetik test calisma kriterlerini karsilayan 120 hasta calismaya dahil edildi. Öncelikle sırasıyla BRCA1 ve BRCA2 geni dizi analizi çalışıldı. BRCA1/2 tüm gen dizi analizi yöntemiyle mutasyon tespit edilmeyen hastalardan BRCA1 ve BRCA2 geni delesyon dublikasyon analizi ve/ veya kansere yatkınlıkla ilişkilendirilen çoklu gen paneli çalışıldı. Bulgular: Herediter Meme ve/veya Over Kanseri ile ilişkili genetik etyolojiyi araştırdığımız bu çalışmada BRCA ve non-BRCA genlerde %33.3 pozitif varyant saptandı. 20 hastada BRCA1 ve BRCA2 genlerinde, 20 hastada ise non-BRCA genlerinde (ATM, CHEK2, RAD50, RAD51D, STK11, MSH6, SDHA, RB1, POLD1, SMAD4, CDH1 ve CDKN22) mutasyon tespit edildi. BRCA2, ATM, RAD50, RAD51D, STK11 ve POLD1 genlerinde olmak üzere toplam 7 novel varyant tanımlandı. Tartışma ve Sonuç: Herediter Meme ve/veya Over Kanseri genetik duyarlılık spektrumunun daha iyi anlaşılması için non-BRCA genlerine özgü risklerin aydınlatılması gerekmektedir. Bu nedenle rutin BRCA genlerinden sonra çoklu gen panel testine ihtiyaç vardır. Çalışmamızdaki, yeni mutasyonların çoğu non-BRCA genlerinde tespit edildi. Ek olarak, iki yeni BRCA varyantı raporlandı. Ayrıca bu çalışma ile Türk popülasyonuna özgü mutasyonların belirlenmesine de katkı sağlandı.